Durante siglos, se denominó Derecho Canónico o Eclesiástico (sin distinguir entre ambos calificativos) al ordenamiento jurídico propio de la Iglesia católica.
Cuando Lutero traspasó a los poderes seculares la dirección de la iglesia, se abrió paso la distinción entre Derecho Canónico, que era el conjunto de normas dictadas por la Santa Sede y el resto de la jerarquía religiosa para el funcionamiento jurídico de la Iglesia católica, y el Derecho Eclesiástico, el dictado por los príncipes luteranos para gobernar a las iglesias nacionales.
En el siglo XVIII el regalismo, en el XIX el liberalismo, y en el XX la laicidad, van traspasando a los poderes civiles la regulación de los fenómenos religiosos en el ámbito estatal. Al mismo tiempo, los nuevos movimientos religiosos protestantes abandonan la dependencia del poder civil y constituyen su propia jerarquía religiosa autónoma. Surge así una nueva distinción, esta vez entre el derecho que las iglesias se dan a sí mismas para regular ad internum su propia estructura y funcionamiento, y el Derecho que dictan los Estados, para regular la vida civil de los fenómenos religiosos: en primer lugar, la tutela estatal de la libertad religiosa individual y colectiva y, seguidamente, la ordenación en el ámbito civil de determinadas realidades jurídicas relacionadas con lo religioso.
Este nuevo conjunto de normas, que cada Estado dicta para regular los fenómenos religiosos no en cuanto que religiosos sino en cuanto que sociales, va a ser el que pasará a denominarse Derecho Eclesiástico del Estado, como sector del ordenamiento jurídico estatal cuya razón de ser es regular la presencia en la vida pública de los fenómenos religiosos; una regulación que puede afrontarse dentro del ámbito de uno de los 6 sistemas de relación Estado-Confesión.
Los términos que lo designan hoy dan lugar a confusión, llegándose a proponer el cambio de denominación ya que el pluralismo supone la presencia de otras confesiones que no son iglesias. Pero esa denominación nueva y más adecuada no se ha hallado aún, y nuestra ciencia sigue siendo la del Derecho Eclesiástico del Estado.
