La explicación de la estructura orgánica de la Unión Europea quedaría incompleta si no se abordaran los "organismos" que el legislador europeo ha creado para la realización de determinadas tareas específicas que contribuyen a la formulación o aplicación de las políticas europeas.
La creación de este tipo de órganos públicos autónomos en la estructura administrativa europea obedeció, en un primer momento, a la finalidad última de todo proceso de descentralización funcional. Esto es, necesidades puntuales de gestión especializada. Así, la primera Agencia que apareció fue la "Agencia de Abastecimiento del Euratom", pero tanto su sometimiento orgánico y funcional a la Comisión como sus avatares históricos han terminado por hacer de ella un servicio administrativo más de la Comisión. Posteriormente, y con motivaciones similares, habría que considerar la creación en 1975 de las "Agencias de la primera generación. Su peculiaridad por entonces era clara: un mandato limitado de tareas; una normativa sobre personal específica y autonomía de gestión.
En 1990, se inicia un frenético movimiento ininterrumpido de creación de nuevos organismos europeos que han obligado a una reflexión sobre su posición en la estructura institucional y administrativa europea. Su aparición se explica en el contexto histórico del proceso de integración europea, cuando su núcleo principal y aglutinador, el mercado interior, había alcanzado tal grado de implantación que para entonces se enfrentaba al reto de una efectiva aplicación y salvaguarda que la "administración indirecta" del Derecho europeo, llevada a cabo por los Estados miembros, no podía satisfacer. La exigencia de una acción administrativa común en determinados sectores y las tradicionales dificultades funcionales y políticas para instaurar una Administración europea centralizada para el desarrollo de ciertas actividades obligaron, en cambio, a reforzar no a la Comisión sino fenómenos peculiares de cooperación entre los Poderes públicos de los Estados miembros y de la Unión.
De esta manera, las Agencias europeas se sitúan entre las Instituciones y los Estados miembros, pero orgánica y funcionalmente forman parte de la estructura administrativa europea. De ahí que su existencia tenga que respetar el equilibrio institucional europeo. En principio, éste quedaría asegurado, en primer lugar, por que la creación de una Agencia es obra del legislador. En segundo lugar, porque a las Agencias europeas no se les ha dotado de competencias discrecionales cuyo ejercicio pudiera alterar el reparto de competencias y responsabilidades establecidas por los Tratados. En tercer lugar, porque las Instituciones ostentas ciertos mecanismos de control sobre las Agencias europeas.
No obstante lo cual, la autonomía funcional y administrativa de las Agencias europeas no se pone en duda, pues son precisamente esos cometidos altamente especializados desde el punto de vista técnico o científico los que justifican igualmente su existencia como entes descentralizados de la Administración Europea. Su posición respecto a la Comisión es, a estos efectos, sintomática, pues ésta no ejerce una tutela ni legal ni política sobre aquellas, por mucho que algunas de estas Agencias desarrollen su actividad al servicio de la Comisión, pues en tales casos se trata de funciones que realizan institucionalmente en la medida en que sus normas de creación les imponen ese mandato que es su razón de ser, pero nunca lo harán en virtud de una decisión unilateral de la Comisión ni al amparo de sus directrices.
El TUE y el Tratado de Funcionamiento de la Unión Europea vuelven a preterir a las Agencias a la hora de dotarlas de una base jurídica específica, como se ha intentado en los últimos años y en las sucesivas reformas de los Tratados. Muy significativamente, las Agencias quedan camufladas en la expresión "organismos", que ya había hecho fortuna en el Derecho administrativo europeo derivado. Con ello, esa inclusión implícita supone la consagración natural de las Agencias como elementos consolidados de la estructura orgánica europea. Sí es importante la previsión del control de legalidad de todos aquellos actos de las Agencias destinados a producir efectos jurídicos frente a terceros, superando así el normativamente fragmentario y jurisprudencialmente ocasional control judicial sobre sus actos.
Asimismo, el TFUE prevé que los actos por los que se creen las Agencias podrán establecer condiciones y disposiciones específicas respecto a los recursos interpuestos por personas físicas y jurídicas contra los actos de las Agencias. Sujeta, igualmente, a las Agencias al control de recurso por omisión y prevé la competencia prejudicial del Tribunal de Justicia sobre la validez e interpretación de los actos adoptados por las Agencias. Finalmente, menciona a los otros organismos en relación con la extensión de la aplicación de las normas sobre transparencia, protección de datos de carácter personal, lucha contra los intereses financieros de la Unión y sujeción al control del Defensor del Pueblo en casos de mala administración. Con un carácter más particular, los Tratados sí mencionan explícitamente algunas Agencias, a las que dota así de un anclaje en el derecho originario: Agencia Europea de Defensa y Europol y Eurojust.
Para entender mejor el estatus y la función de las Agencias europeas, puede resultar útil proceder a una clasificación o tipología de las actualmente existentes. Lo cual no deja de ser siempre una tarea sumamente compleja y de resultados insatisfactorios, debido a una heterogeneidad entre ellas derivada de la singularidad recalcitrante de sus regímenes jurídicos. A pesar de las limitaciones y simplificaciones de tal operación, se podrían agrupar las Agencias europeas en las siguientes categorías:
- Agencias reguladoras. Estas Agencias se caracterizarían porque sus funciones se encaminan directamente a la operatividad de determinados ámbitos del mercado interior y, de otra, porque pueden adoptar decisiones individuales que producen efectos jurídicos vinculantes para terceros.
- Agencias de asistencia científica y técnica. Estas Agencias recopilan datos y preparan información de carácter técnico y científico en sus respectivos ámbitos específicos de actuación. Pueden servir como medios de coordinación y cooperación entre órganos nacionales y supranacionales, así como implicar a representantes de los sectores afectados. Por sus funciones, cabría singularizar, por un lado, las Agencias cuya misión principal es proporcionar asistencia mediante inspecciones en el territorio de los Estados miembros encaminadas a que la Comisión garantice el cumplimiento del Derecho Europeo y, por otro, las Agencias encargadas de emitir dictámenes y recomendaciones que constituyen la base técnica y científica de las posteriores decisiones de la Comisión.
- Agencias de gestión. Excepcionalmente se han creado Agencias que desempeñan tareas administrativas, bien para ayudar a la gestión ordinaria de otras Agencias en cometidos específicos, bien para la ejecución de programas europeos.
- Agencias europeas que actúan en el seno de las políticas intergubernamentales de la Unión Europea.
La estructura interna básica de las Agencias responde a un modelo basado en dos órganos de dirección, uno colegiado y otro unipersonal. En primer lugar, un Consejo de Administración, integrado por representantes de los Estados miembros, de la Comisión y, según la Agencia, representantes de intereses diversos de los sectores implicados. En segundo lugar, un Director ejecutivo, nombrado en algún caso por la Comisión, normalmente por el propio Consejo de Administración de entre una lista propuesta por la Comisión y singularmente por el Consejo. su mandato suele cubrir un período de cinco años, renovables. Finalmente, la estructura se puede completar con un Comité Científico, en el que están presentes expertos en la materia de cada uno de los Estados miembros.
