Los Organismos especializados son autónomos respecto a la ONU, salvo en las relaciones de control y de coordinación. Esta autonomía es sostenible, dado que las manifestaciones de voluntad de los referidos Organismos son imputables a ellos y no a la ONU. Por otro lado, la autonomía de referencia se demuestra, dado que no existe coincidencia entre los organismos especializados y la ONU en algunas materias tan importantes como las siguientes:
- Los respectivos ordenamientos jurídicos aparecen claramente separados. La ONU tiene su propio ordenamiento jurídico, que es distinto al de cada uno de los Organismos especializados.
- Los miembros de las Naciones Unidas y los Organismos especializados no tienen que coincidir en todos los casos, ya que se puede ser miembro de una sin ser miembro de los otros, y al contrario.
- Tampoco coinciden en el lugar geográfico donde está enclavada la sede. Es más, todos los Organismos especializados tienen su sede en ciudades distintas a aquella en que radica la de las Naciones Unidas.
- Tanto los órganos como los funcionarios son distintos y no coinciden con los de las Naciones Unidas.
Problema distinto, pero conexo con el anterior, es el de la subjetividad jurídica internacional de estos Organismos. No existe nada que se oponga a que se les otorgue en concreto la subjetividad internacional. Hay claras manifestaciones de esta subjetividad, ya que mantienen relaciones directas con los Estados y concluyen con éstos acuerdos de carácter internacional. Este mismo carácter tienen también los acuerdos de cooperación con las Naciones Unidas, que, como es sabido, gozan de subjetividad internacional.
