La regla general, sobre todo a partir de la Ley de Entidades Estatales Autónomas de 26/12/ 1958 es que, aunque los Organismos autónomos son definidos como “Entidades de Derecho público creadas por la Ley, con personalidad jurídica y patrimonio propios”, “independientes de los Estados”, esta independencia se refiere a la personalidad jurídica, pero no a la política de sus órganos.
Las Leyes creadoras reservaron al Gobierno el poder de nombrar y destituir discrecionalmente a los cargos directivos, sin olvidar también, la generalizada tendencia de incluir en la organización suprema a los altos cargos del Ministerio al que están adscritos: Ministros, Subsecretarios y Directores generales forman parte de los Consejos u órganos directivos.
Esta descentralización no es solo una ficción, obediente al principio de que todas las administraciones dependen del poder ejecutivo, sino también una burla por la anomalía que supone la ocupación del nivel gubernamental y del Ente instrumental por los mismos personajes, trasladándose también a las CCAA.
También se dieron casos de una cierta independencia orgánica como las diversas Cámaras Oficiales que, posteriormente fracasaron. Antes podría citarse como Administración funcionalmente independientes las Reales Academias, integradas todas ellas en el Instituto de España (1945), cuya tradición se remonta al siglo XVIII y en el que se da el máximo grado de independencia puesto que los titulares de sus órganos se eligen sin interferencia del Gobierno. También en la Universidad la potestad gubernamental de nombramiento y remoción de los cargos de los rectores aparecía condicionada no sólo por la necesidad de elegir un catedrático, sino por propuestas de los órganos de la propia Corporación.
En la Dictadura de Primo de Rivera se crean, además de las Confederaciones Hidrográficas, unos organismos consorciales, reguladores de sectores económicos y semi-independientes del Estado. Algunos supuestos pasados de jurisdicciones especiales deben verse como supuestos de Administraciones independientes por estar orientados al ejercicio de funciones arbitrales o cuasijudiciales.
