Para la regulación de la prescripción, el LITPAJD se remite a la regulación contenida en la LGT, aunque establece previsiones especiales:
- En los documentos privados presentados a liquidación, se presume que la fecha de los mismos es la de su presentación, salvo que, con anterioridad, concurra alguna de las circunstancias previstas en el art. 1227 CC.
- En los contratos no reflejados documentalmente, se presume que la fecha es la de la presentación de la declaración.
- Cuando se trate de escrituras autorizadas por funcionarios extranjeros, el plazo de prescripción comenzará a computarse a partir de la fecha de presentación ante la Administración española, a no ser que se disponga otra cosa en Tratados, Convenios o Acuerdos Internacionales suscritos por España.