2.1. Alta Edad Media: diócesis, iglesias propias y monasterios
La invasión musulmana supuso para la Iglesia quedar dividida en dos: la de los núcleos de resistencia en el norte, y las iglesias mozárabes en los territorios musulmanes.
La primera se irá reorganizando con la reconquista. La segunda mantendrá la disciplina visigoda y sus ritos litúrgicos que se conocen como ritos mozárabes.
Al principio fue preciso que los temas eclesiásticos quedasen subsumidos en los generales del estado sin distinción. Esta asunción de temas espirituales llegó hasta el punto de que la misma Curia regia será la que toma las decisiones en materia eclesiástica: nombramiento de obispos, diócesis, iglesias, clero, etc. Fruto de esta unión surgirá el regalismo o derecho del monarca a intervenir en aquellos problemas de la Iglesia relacionados con el estado que puedan suponer un conflicto entre ambos, como puede ser la elección de los obispos, en la que desde tiempos visigodos habían venido interviniendo proponiendo candidatos. Con Alfonso VIII de Castilla se establece la inviolabilidad de los bienes de la Iglesia y se extiende el privilegio del fuero eclesiástico a todos los clérigos del arzobispado.
Con el avance de la reconquista del territorio se va restableciendo el sistema organizativo eclesiástico visigodo consistente en dividir el territorio en diócesis a cuya cabeza figuraba un obispo, que es la autoridad ordinaria. En el Concilio de Coyanza de 1055 se restauró el sistema visigodo de forma oficial, al disponerse que se aplicaron las disposiciones canónicas aprobadas en los concilios visigodos. Este concilio tomó muy importantes medidas, entre ellas la reafirmación de la jurisdicción episcopal, decretar la independencia del clero, la necesidad de la reforma monástica y la corrección de los desórdenes morales.
Desde el Concilio de Letrán en 1139 los obispos habían de ser elegidos por los cabildos, con la aprobación del monarca. En Castilla desde mediados del siglo XIII los reyes proponían a Roma los prelados electos. En Aragón, a partir de Jaime I el nombramiento fue potestativo de los papas. Con los Reyes Católicos, hobo diversos incidentes debido a nombramientos papales.
Al conquistar Toledo las tropas cristianas en 1085 se intentó volver a establecer el cargo de Primado de Toledo, frente a los deseos de otras sedes como Tarragona o Santiago. También se restauraron las iglesias metropolitanas, pero la unidad básica va a ser la parroquia, cuya influencia fue decisiva en la vida diaria de la comunidad. La agrupación de parroquias genera un arciprestazgo y la de estos un arcedianato. La unión de arcedianatos dará como resultado una diócesis. El arcediano era el ejecutor de las decisiones del obispo, y en muchas ocasiones sería su sucesor.
El régimen señorial favorecerá la difusión de un fenómeno que se iniciará en la España visigoda: las iglesias propias, iglesias erigidas por los señores en sus territorios y en los que ellos ejercían las funciones de los obispos. Este sistema logró gran difusión debido al avance repoblador llegando a aparecer monasterios familiares.
Los centros más importantes van a ser los monasterios, que albergarán monjes, los cuales vivían fundamentalmente dedicados al trabajo y la oración. Los monasterios fueron importantes centros repobladores, además de estructuras agrarias y centros donde florecía la cultura. Tal es así que los monasterios aumentaron paulatinamente y de forma alarmante, surgiendo a partir del siglo XI la reforma de Cluny, apoyada por el rey y que introdujo influencias feudales, y la del Cister, como movimiento de reacción a la estructura señorial que se había adoptado en los monasterios.
Un elemento esencial será el culto a Santiago, que ayudó a difundir las nuevas ideas europeas, además de potenciar un intercambio y las influencias ideológicas entre personas. El Camino de Santiago va a ser conocido en todo el territorio, atrayendo peregrinos gracias a la seguridad de sus vías, protegidas por la paz del camino.
Conforme nos acercamos a los siglos X-XI son cada vez mayores los contactos con Roma propiciados por la llegada a la península de los monjes de Cluny que difunden la reforma de Gregorio VII, que sustituyó los ritos visigodos por los romanos. La reforma gregoriana también incidió en las iglesias propias, limitando las atribuciones del señor al derecho de patronato o nombramiento del clérigo o párroco de la iglesia.
2.2. Baja Edad Media: conciliarismo y conflictos de jurisdicción
El Concilarismo pretendía situar el Concilio por encima del Papa, como suprema autoridad de la Iglesia. Su reconocimiento en el Concilio de Constanza en 1414 originó una profunda confusión que culminó con el gran Cisma de Occidente (1378-1417) y la existencia simultánea de varios pontífices. Los reyes de Aragón reconocieron, por ejemplo, al Papa de Avignon, mientras el resto de la península permanecía fiel a Roma. Tras la vuelta a la unidad del pontífice, y ante la relajación moral que favorecía la difusión de la herejía, se hizo necesaria una reforma en profundidad del clero regular y secular, iniciada en España por el císter y continuada por Cisneros.
La Iglesia en la Baja Edad Media sufrió una crisis moral. Por lo que se refiere a las relaciones Iglesia-Estado, la idea de supremacía eclesiástica no fue incorporada íntegramente. En Castilla los reyes interceptaron las bulas pontificias permitiendo sólo las que no perjudicaban al Estado y se beneficiaron de los ingresos que éstas reportaban. Se prohibió así la circulación de determinadas bulas pontificias, y se limitó la jurisdicción eclesiástica mediante los recursos de fuerza o apelaciones al rey. También fue objeto de disputa la designación de los obispos y la jurisdicción eclesiástica en si misma y los bienes de la Iglesia, cuya acumulación fue obstaculizada sin éxito por parte del Estado. En Aragón las relaciones con la Iglesia atravesaron momentos difíciles debido, por un lado, a la infeudación del reino a la Santa Sede por Pedro II, y la negativa de su hijo Jaime II a reconocerla, y por otro a la intervención aragonesa en Italia. Jaime II restauró los lazos con la Iglesia, que vivió así en el siglo XIII su mejor momento en Aragón, con figuras como San Raimundo de Peñafort o San Raimundo Lulio.
