2.1. Reforma y Contrarreforma
Desde el inicio de su reinado, los Reyes Católicos acometieron un programa renovador de la Iglesia española. El panorama de la disciplina y costumbres dejaba mucho que desear. Las diferencias entre un alto clero y un clero inferior, eran exageradas. Los desarreglos de la vida monástica y un debilitamiento moral hicieron que los monarcas se propusiesen tres objetivos: la eliminación del paganismo, la erradicación de la herejía y la reforma de la vida eclesiástica.
Con respecto a los obispos y el clero regular, la intervención de los Reyes Católicos se aplicó a excluir a extranjeros a favor de los eclesiásticos de sus reinos, y a velar por la observancia del celibato, procurando especialmente Isabel no promover en Castilla a las sedes episcopales a clérigos con hijos. En la reforma conventual el gran protagonista fue Cisneros. Especial resonancia tuvo la obra de Cisneros en los monasterios femeninos, sometidos desde entonces a las respectivas familias religiosas bajo la jurisdicción y control de los visitadores generales.
Como contrapunto a la Reforma luterana, prosigue en a España del siglo XVI ese movimiento de renovación eclesiástica, para autorizar la centralización estatal de las reformas.
El Concilio de Trento sancionó tanto una serie de decretos dogmáticos, en las cuestiones controvertidas con el protestantismo, como otros decretos de reforma, aplicados a la formación del clero y la disciplina eclesiástica. Sus prescripciones fueron promulgadas como ley civil en diversos países de Europa, y en España en concreto en 1564.
2.2. Relaciones entre Iglesia y Estado
A) El regalismo de los Austrias
La defensa de la fe tuvo como contrapartida la interferencia del Estado en las cuestiones propias de la Iglesia. En la medida en que aquél se atribuye una función providencial y protectora de_ los religioso, los monarcas pretenden con frecuencia orientar las decisiones de Roma y supeditarlas a su criterio.
Los reyes intentan condicionar la elección del Papa, someten a supervisión las decisiones de los pontífices, deciden el nombramiento de obispos u otras dignidades eclesiásticas y reúnen juntas de teólogos que a veces dictaminan a favor del monarca y en contra del Papa. Todas estas extralimitaciones del poder civil configuran el llamado regalismo, a lo que se añade los excesos de un pontificado que con frecuencia se entromete en cuestiones temporales y actúa como una potencia política. Todo ello hace suponer que las relaciones de los monarcas católicos con la Santa Sede no fueron en absoluto fáciles: Felipe II a punto estuvo de provocar la ruptura con Roma.
Ese regalismo, consistente en sentido estricto en los derechos que los reyes reclaman en el orden espiritual, comprende principalmente tres cosas: el derecho de presentación de los cargos eclesiásticos, el pase regio y los recursos de fuerza. El derecho de presentación, relativo a obispados y otras dignidades, es la facultad de proponer a quienes han de desempeñar esos puestos. Tal derecho derivaba del de patronato. De esta forma, los reyes pretenden siempre probar su condición de patronos, a fin de ejercer luego el derecho de presentación. Y como ellos han fundado tantas iglesias, la expansión religiosa en España y ultramar, son acreedores a ese derecho de patronato que comporta la percepción de los diezmos a cambio de la evangelización; y en consecuencia son acreedores también al derecho de presentación.
El pase regio es el derecho que se atribuyen los reyes de otorgar el visto bueno a las bulas y documentos pontificios antes de su publicación. A tal efecto, esas disposiciones deber ser examinadas por el Consejo de Castilla. Roma, lógicamente, se opuso a esas prácticas.
B) El regalismo borbónico y los Concordatos
El intervencionalismo estatal con los Borbones degenera en una especie de "nacionalismo eclesiástico" tanto en España como en Indias. La Inquisición conserva y extrema su carácter de órgano de acción del Estado.
¿Fue el regalismo borbónico algo distinto al de los Austrias? La doctrina tradicional ha estimado que sí: Carlos V y sus sucesores se habrían extralimitado en función de una defensa de la religión, mientras que Felipe V y los restante Borbones instrumentalizaron lo religioso en exclusivo a beneficio de los intereses políticos. Las tesis revisoras de este análisis califican de arbitraria la distinción, reivindican la figura de algunos célebres regalistas, y destacan que ellos actuaron precisamente como católicos, en defensa de la legítima autonomía de lo temporal reconocida en el mensaje evangélico. Ismael Sánchez Bella ha defendido una clara continuidad del regalismo de Austrias y Borbones.
Ambos tipos de regalismo fueron de signo distinto. El de los Austrias fue fruto de una concepción providencialista, mientras que el borbónico fue un regalismo de aire laicista y secularizado. Antes los monarcas fundaban sus derechos en concesiones pontificias o privilegios eclesiásticos. Ahora, el rey reclama eso mismo como algo inherente a su soberanía.
Por su posición favorable al pretendiente austriaco en la Guerra de Sucesión, Felipe V expulsó al nuncio en 1709, cuya recomposición dio lugar al Concordado de 1737, que radicó en reconocer a los reyes el derecho universal de patronato, con lo que quedó en sus manos el nombramiento de obispos. En el aspecto económico, la Iglesia fue desprovista de diversos ingresos a cambio de recibir un capital de compensación.
La etapa final de Carlos IV estuvo marcada por la desamortización de los bienes eclesiásticos, así como por el llamado cisma de Urquijo: un decreto dictado por este ministro en 1799, de contenido y forma terminantemente regalista.
