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Las potestades y funciones de comprobación e investigación (art. 115 LGT) se atribuyen a la Administración tributaria y, por tanto, no son exclusivas de los Órganos de inspección. Sin embargo, la comprobacón (indagatoria e inquisitiva) y la investigación constituyen las funciones administrativas típicas y fundamentales de la Inspección de los Tributos.

La potestad para comprobar e investigar los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones, valores y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria es una potestad puesta al servicio de la Administración tributaria para poder liquidar un tributo, verificar el correcto cumplimiento de las normas, y en su caso, practicar las liquidaciones tributarias resultantes de las actuaciones de comprobación e investigación.

"La potestad de comprobación e investigación se confiere a la Administración tributaria en orden a que la liquidación definitiva de una deuda tributaria, responda a las exigencias del principio de legalidad; se trata pues, de un haz de poderes conferidos por el OJ a determinados órganos como instrumentos al servicio de las aspiraciones de lograr la máxima satisfacción de los principios de justicia tributaria" (STSJ de Valencia de 25/05/2005, FJ 3, JT 2005/1132; y en el mismo sentido la STS de 4/5/2011, Rec. 183/2007).

"La Administración tributaria no sólo ostenta dichas facultades (de comprobación e investigación), sino que, además, y esto es muy importante, está obligada a ejercerlas" (STS RJ 2004/5937), puesto que, como recuerda el TC, el deber de contribuir vincula, no sólo a los ciudadanos, sino también a los poderes públicos, obligados a exigir en condiciones de igualdad esa contribución a todos los contribuyentes cuya situación ponga de manifiesto su capacidad económica susceptible de ser sometida a tributación (STC 193/2004).

Tras aludir el art. 141 LGT a las funciones administrativas de comprobación (de la veracidad y exactitud de las declaraciones presentadas por los obligados tributarios) y de investigación (de los supuestos de hecho de las obligaciones tributarias para el descubrimiento de los que sean ignorados por la Administración), el art. 145 LGT señala que el procedimiento de inspección tendrá por objeto comprobar e investigar el adecuado cumplimiento de las obligaciones tributarias y en el mismo se procederá, en su caso, a la regularización de la situación tributaria del obligado mediante la práctica de una o varias liquidaciones.

La comprobación tendrá por objeto los actos, elementos y valoraciones consignados por los obligados tributarios en sus declaraciones. La investigación tratara de descubrir la existencia, en su caso, de hechos con relevancia tributaria no declarados o declarados incorrectamente por los obligados tributarios.

Comprobación e investigación son dos vertientes o aspectos de una misma actuación inspectora dirigida a verificar en definitiva, la corrección de la situación tributaria del obligado. Advierte el TS que la esencia de la función comprobadora de las declaraciones tributarias presentadas por los sujetos pasivos y de la función investigadora, cuando no se han presentado tales declaraciones, consiste en el conocimiento de la realidad económica y jurídica, que constituye el substrato de los hechos imponibles.

La propia LGT, en su art. 142.1 enuncia indistintamente los medios de que podrán valerse ambas actuaciones, atribuyéndolas conjuntamente a los órganos de la Inspección de los Tributos. El carácter unitario de la comprobación e investigación se refuerza si consideramos que ambas tienen carácter indagatorio e inquisitivo y a través de ellas la Inspección busca la verdad material y la obtención de pruebas suficientes para la correcta aplicación de la norma tributaria. No puede afirmarse que la fijación de la realidad sea en todo caso el objetivo de estas funciones indagatorias, pues ello depende del régimen de determinación de bases previsto para el tributo y de que éste se asiente sobre datos y valores reales o renuncie de entrada a conocerlos, aplicando índices, módulos, valores estimativos, etc. En cambio siempre ha de dirigirse a asentar unos datos y hechos firmes sobre los que liquidar, en consonancia con los que exija la ley del tributo para su aplicación.

Aun tratándose de un procedimiento estrictamente administrativo, dado que el tributo exige conocer los hechos de la realidad para aplicarse a ellos, la Administración buscará justificar esos hechos y sus medios de prueba, de modo que puedan ser utilizados en eventuales recursos contra la liquidación, tanto en sede administrativa como jurisdiccional. Como procedimiento contradictorio, el particular y la Administración intentarán probar los hechos y datos afirmados por cada uno, para convencerse mutuamente de lo exacto de sus apreciaciones. Se procura una dimensión probatoria a la actividad de comprobación que evite futuros conflictos y permita fijar unos hechos firmes sobre los que liquidar. Caso de producirse la impugnación, esos medios de convicción adquirirán el valor de prueba característico de cualquier recurso administrativo o contencioso.

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