El procedimiento de comprobación limitada terminará:
- Por resolución expresa en la que, al menos se incluya la obligación tributaria o elementos de la misma objeto de comprobación y su ámbito temporal; la especificación de las concretas actuaciones realizadas; los hechos y fundamentos de derecho que motiven la resolución, y la liquidación provisional (art. 101.4 LGT) que habrá de ir precedida de la comunicación de la correspondiente propuesta de liquidación al obligado tributario (art. 138.3 LGT), o en su caso, la manifestación expresa de que no procede regularizar la situación tributaria objeto de comprobación.
- Por caducidad, una vez transcurrido el plazo de seis meses, desde la notificación del inicio (art. 104 LGT), sin haberse notificado liquidación provisional, pudiendo la Administración iniciar un nuevo procedimiento de comprobación limitada dentro del plazo de prescripción.
- Por el inicio de un procedimiento inspector que incluya el objeto de la comprobación limitada, entendiéndose cumplida la obligación de notificar la terminación del procedimiento de comprobación limitada dentro de su plazo máximo de duración con el intento de notificación de la comunicación de inicio del procedimiento de inspección (art. 101.6 RGIT). Lo que no resulta admisible es que el procedimiento de inspección tributaria coexista con el procedimiento de comprobación limitada, proyectándose sobre el obligado tributario dos diferentes potestades y dos actuaciones diferentes de comprobación tributaria: la de los órganos de gestión en el ámbito de la comprobación limitada, y la de los órganos de inspección en el seno del procedimiento inspector.
