La distinción de tres planos en el discurso (ontológico, lógico y epistemológico) es, como sabemos, la clave del planteamiento filosófico del que se parte aquí. Nos vamos a centrar ahora en el epistemológico, esto es, en el plano de los criterios según los cuales se puede conocer lo que es la cosa. Por tanto, es este el plano de la reflexión en torno a las condiciones de posibilidad del conocimiento de una cosa: bajo qué patrones lógicos y metodológicos se puede decir algo sobre ella. Es decir, estamos en el plano del discurso que es propio de la teoría del conocimiento o, simplemente, de la epistemología.
La filosofía tiene por objeto el estudio de las cosas en tanto que tales, pero su determinación de lo que son éstas se efectúa mediante el lenguaje y a través de las diferentes perspectivas, de los distintos métodos desde los que hablamos de éstas. La ciencia no es ajena a ello, dado que es un método de conocimiento; luego la reflexión sobre los métodos de conocimiento científico tiene también un carácter filosófico. Por eso la epistemología se ha desarrollado, durante los últimos siglos, como una filosofía sobre la ciencia.
No es lo mismo hablar desde el conocimiento científico que sobre el conocimiento científico. El científico habla desde la primera posición, el filósofo desde la segunda. La ciencia, cuyo objeto es particular, no tiene por misión reflexionar sobre sus propios fundamentos. La filosofía sí lo hace porque su objeto no es particular, sino universal: comprende todos los objetos particulares y, por tanto, todos los conocimientos sobre esos objetos. Sólo así se comprende la vinculación entre lo científico y lo filosófico: la epistemología es, entonces, filosofía del conocimiento científico.
Ahora bien, los conceptos de ciencia, conocimiento científico o método científico resultan equívocos; por ello, han sido formulados de muy diversas maneras y en función de ideologías muy distintas. Una descripción interesante de este panorama, en un intento de clarificar el contenido del concepto, es la ofrecida por Gustavo Bueno en la siguiente clasificación de los posibles sentidos del término conocimiento científico:
- Ciencia como saber hacer, es decir, como arte o técnica especial. Sería el caso de la ciencia practicada por el abogado, el artesano, el médico o arquitecto.
- Ciencia como sistema de proposiciones derivadas de principios. Es el sentido en que se entendía de la Edad Antigua y en la Edad Media; a él se adecuan, por ejemplo, el filósofo escolástico y el teólogo.
- Ciencia en el sentido moderno: la ciencia experimental, como lo son las modernas ciencias naturales. El caso más representativo sería el de la ciencia practicada por los científicos de laboratorio.
- Ciencia en el sentido contemporáneo de "ciencias" humanas, "ciencias" sociales, "ciencias" culturales, etc. Aquí encajarían disciplinas tales como las ciencias de la educación, las ciencias económicas, las ciencias de la información, etc. Figuras típicas de "científicos" en este sentido serían las de los profesionales de la comunicación, los pedagogos, los sociólogos, los psicólogos...
La enumeración evidencia que hay varios modos de decir el término ciencia. Todos ellos tienen detrás un modelo epistemológico, es decir, un patrón, un criterio que les permite determinar, en cada caso, lo que hace científico a un conocimiento. En el primer caso, el criterio vendría dado por la utilidad más inmediata: la resolución de problemas prácticos. El segundo tendría detrás una tendencia sistemática, un intento por reducir todo a un determinado formato lógico a través de principios; en suma, de derivar unos conocimientos de otros y de vincular todos ellos en torno a postulados comunes. El tercero se caracteriza por la aplicación del modelo experimental, con una base matemática, a todos los campos del conocimiento; su logro más espectacular es la física moderna. El cuarto es el resultado de las clasificaciones académico-administrativas que, durante el siglo XX han parcelado el conocimiento en función de necesidades organizativas impuestas por el Estado, llamando "ciencia" a conocimientos muy concretos que dudosamente tienen ese sentido.
La tercera acepción es la que ha condicionado todo el pensamiento contemporáneo desde Kant. La proyección de este modelo al ámbito filosófico general llevó a la pretensión de sustituir toda filosofía por la ciencia en sentido físico-matemático, entendida como el modelo universal de conocimiento. En consecuencia, esta acepción de ciencia se ha tomado, a veces, como el patrón metodológico desde el que se enjuicia y valora toda forma de conocimiento.