1. Considerada la prueba no como un instituto puramente procesal sino con un carácter material independientemente de su utilización en el seno de un proceso, la LGT aborda su regulación remitiéndose a la normativa común que sobre medios y valoración de la prueba se contiene en el Código Civil y en la Ley de Enjuiciamiento Civil "salvo que al ley tributaria establezca otra cosa" (art. 106.1 LGT).
A partir de esta remisión general, la LGT establece las particularidades de la prueba en materia tributaria.
El objeto de la prueba son los hechos, y en los procedimientos de aplicación de los tributos quien haga valer su derecho (sea la Administración o el contribuyente) , deberá probar los hechos constitutivos del mismo. La LGT respeta el criterio general del Ordenamiento sobre la carga de la prueba, sin que el carácter imperativo de las normas procedimentales tributarias, ni la presunción de legalidad y validez de los actos tributarios afecten al referido principio general.
Conforme dispone el art. 75.1 LPAC "los actos de instrucción necesarios para la determinación, conocimiento y comprobación de los datos en virtud de los cuales deba pronunciarse la resolución, se realizarán de oficio por el órgano que tramite el procedimiento, sin perjuicio del derecho de los interesados a proponer aquellas actuaciones que requieran su intervención o constituyan trámites legal o reglamentariamente establecidos". De ahí que tratándose de un procedimiento administrativo inquisitivo, impulsado de oficio, e incluso exigible a la Administración como auténtico poder-deber, ni la prueba ni la carga de la prueba pueden tener la misma significación que en un proceso dispositivo ante un juez imparcial. La Administración deberá averiguar los hechos relevantes para la aplicación del tributo, incluidos los que pudieran favorecer al sujeto pasivo del tributo e incluso a terceros, deberes de suministrar, comunicar o declarar datos a la Administración, cuando no de acreditarlos, así como se establecen presunciones que invierten la carga de la prueba dispensando al ente público de la acreditación de los hechos presuntos.
La jurisprudencia es abundante, la Administración ha de probar la existencia del hecho imponible y de los elementos que sirvan para cuantificarlo y el particular los hechos que le beneficien como los constitutivos de exenciones y beneficios fiscales, los no sujetos, etc.
2. En este sentido, y como medios específicos de prueba en los procedimientos tributarios, señala el art. 106, en primer lugar, la probabilidad de que para "determinadas operaciones con relevancia para la cuantificación de los tributos se podrán exigir requisitos formales de deducibilidad". Se trata de la exigencia de requisitos adicionales en los instrumentos de prueba, tales como su fehaciencia, carácter fidedigno etc. Por otra parte, el art. 106.3 LGT señala que los gastos deducibles y las deducciones que se practiquen por operaciones realizadas por empresarios o profesionales, deberán justificarse, de forma prioritaria, mediante la factura entregada por el agente económico que haya realizado la operación, o mediante el documento sustitutivo correspondiente.
El art. 106.4 establece la necesidad de acreditar la procedencia y cuantía de las compensaciones y deducciones mediante la "exhibición de las liquidaciones o autoliquidaciones en que se incluyen la contabilidad y los oportunos soportes documentales", en aquellos supuestos en que las bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o las deducciones aplicadas o pendientes de aplicación tuviesen su origen en ejercicios prescritos.
3. En el art. 108 LGT se abordan las presunciones como medio de prueba, separando las legales de las presunciones simples o de hecho. Las primeras, serán iuris tantum salvo que expresamente la ley prohíba la prueba en contrario. Respecto a las segundas, se recoge la previsión del art. 1249 CC que exige que entre el hecho presunto y el demostrado debe haber un enlace preciso y directo según las reglas del criterio humano".
Conviene advertir que la presunción no es una fuente de certeza, sino de probabilidad.
No habiendo en principio particularidad en esta regulación de las presunciones, es necesario destacar, respecto a la legales tres observaciones. La primera, que también los hechos que las sustentan deben estar demostrados, suponiendo en realidad una dispensa de la prueba con la correlativa carga para la otra parte de probar los hechos contrarios a los que derivan de la presunción. La segunda, que las presunciones legales son medios de prueba que la Administración tributaria no está imperiosamente obligada a utilizar sino que sólo debe hacerlo cuando el resultado probado proteja los intereses legítimos de la Hacienda Pública y nunca de manera que dichas actuaciones puedan desembocar al final del todo en algo similar a las acciones de mera jactancia. Y la tercera, que numerosas pruebas del DT contienen auténticas ficciones legales, que más que presunciones iuris et de iure constituyen mandatos de la norma que edifican una verdad formal para aplicar el tributo con total independencia de que respondan a la realidad. Sobre ellas, obviamente, no se admite prueba en contrario.
Hay autores que opinan que ello no es constitucional. Finalmente, el art. 108.3 LGT, reconoce el derecho de la Administración a considerar titular de cualquier bien, explotación o actividad a quien figure como tal en un Registro fiscal o de carácter público, admitiendo prueba en contrario, optando definitivamente por considerarla una presunción legal.
4. A la vista de los preceptos reguladores de la prueba en la LGT, puede concluirse que son de aplicación en el ámbito tributario las previsiones generales de las normas que en el ordenamiento español abordan el instituto de la prueba. Ello significa que el sistema vigente con carácter general de libre apreciación de la prueba es también de plena aplicación en DT y si en los procedimientos de aplicación de los tributos no es tan relevante ni tan precisa la traslación de la teoría de la prueba, sí lo es en el ámbito revisor, tanto económico-administrativo como en el judicial. En esa medida, la actividad de comprobación e investigación tiende a basarse en los medios de prueba que después puedan servir en esas vías para sostener las perspectivas pretensiones, al tiempo que propician, en el orden gestor, la aceptación por la otra parte, contribuyendo así a fijar los hechos y datos relevantes para la aplicación del tributo.