A la iniciación de la instrucción se refiere expresamente el art. 308, en cuya virtud: "Inmediatamente a que los Jueces de Instrucción o de Paz, en su caso, tuvieren noticia de la perpetración de un delito, el Secretario judicial lo pondrá en conocimiento del Fiscal de la respectiva Audiencia, y dará además parte al Presidente de ésta de la formación del sumario, en relación sucinta, suficientemente expresiva del hecho, de sus circunstancias y de su autor, dentro de los 2 días siguientes al que hubieren principiado a instruirle".
1.1. Iniciación por juez incompetente
A esta forma de incoación se refiere la remisión a los "Jueces de Paz", que efectúa este precepto y que hay que entender efectuada a los jueces de paz y también a los de instrucción objetiva o territorialmente incompetentes. En tales casos, y sin perjuicio de que hayan de practicar las diligencias de prevención, el Secretario Judicial habrá de poner en conocimiento del Fiscal de la Audiencia y del Juez de Instrucción competente, la incoación de tales diligencias. La comunicación al Ministerio Fiscal se justifica para que pueda instar las pertinentes diligencias de prevención ex art. 319 y ejercitar su actividad de inspección prevista en el art. 306.2, en tanto que la que hay que efectuar al Juez de Instrucción tiene por finalidad posibilitar la personación del Juez en orden a asumir la instrucción directa, haciendo uso de la facultad que le confiere el art. 318.
1.2. Incoación por juez competente
La incoación de la fase instructora por el Juez de Instrucción competente puede suceder a instancia de parte o de oficio.
A) El Auto de incoación del sumario y las "Diligencias Indeterminadas"
Si el Juez de Instrucción al que se le transmitiera la notitia criminis fuera el objetiva y territorialmente competente y dicha noticia, puesta en su conocimiento a través de la pertinente denuncia o querella, lo fuere típica y de un delito con pena privativa de libertad superior a los 9 años, habría de dictar el Auto de incoación del sumario y ponerlo en conocimiento del Ministerio Fiscal y del Presidente de la Audiencia a los efectos de la inspección contemplada en el art. 306.2 y de la prevención de las dilaciones indebidas contemplada en el art. 324.
Constituye una flagrante vulneración del principio de legalidad procesal, contemplado en el art. 1 LECrim, la realización de las denominadas Diligencias Indeterminadas o "Previas de las Previas", que la práctica forense ha inventado, sobre todo para, ante la necesidad de acordar una intervención telefónica en la lucha contra la criminalidad organizada, evitar la publicidad para la defensa del sumario.
B) Los delitos conexos
La fase instructora ha de extenderse, no sólo al delito principal, sino también a los delitos conexos.
Pero, si la acumulación de dichos delitos resultara inconveniente por razón de la excesiva complejidad o dilación que pudiera derivarse de la acumulación, dispone el art. 17.2 que el Juez está facultado para no acumularlos y tratarlos en piezas separadas.
C) Las "piezas del sumario"
Una vez incoado un sumario, se hace necesario ordenar sistemáticamente los documentos que va elaborando el Juez a lo largo de la fase instructora.
Existen en el sumario cuatro piezas:
- la pieza principal, es la más importante y en la que se reúnen todas las actas o documentos en los que se plasman los distintos actos de investigación y de prueba practicados;
- la pieza de situación personal que abarca todos los documentos relativos a las medidas cautelares penales;
- la pieza de responsabilidad civil, la cual contiene todo lo relativo a las medidas aseguratorias de la pretensión civil acumulada al proceso penal y
- la pieza de terceros en ella tan sólo se reúnen los documentos relativos a la intervención de los terceros civilmente responsables.
Junto a tales piezas, la Ley de 2015, de reforma de la LECrim, ha instaurado la pieza de secreto de determinadas actuaciones.